С 1994 года работал в московском представительстве финансовой корпорации САПИ (фонд "Сахаалмазпроминвест"; президент - Федот Тумусов, ныне - депутат Госдумы), учрежденной в 1993 году властями Якутии. В 1995 году занял пост вице-президента корпорации САПИ в Якутске.

В 1997-2002 годах - депутат Палаты республики Государственного собрания (Ил Тумэн) Республики Саха II созыва. Баллотировался по одномандатному Оленёкскому округу. В парламенте возглавлял бюджетный комитет.

С 1995 по 1998 год Николаев входил в состав правления открытого акционерного общества "Коммерческий банк "Алмазэргиэнбанк", одним из главных акционеров которого являлась корпорация САПИ. Занимал должность заместителя председателя банка. С 1998 по 2003 год - председатель правления АКБ "Алмазэргиэнбанк".

В декабре 2002 года был избран депутатом Государственного собрания Якутии III созыва по Богатыревскому избирательному округу (Якутск). Участвовал в выборах в качестве самовыдвиженца, набрал 41,51% голосов. Второе место в округе занял Алексей Шеметов (17,98%).

В 2004-2007 годах - министр финансов Республики Саха (Якутия) в правительстве Егора Борисова.

В мае 2018 года глава Республики Саха (Якутия) Егор Борисов подал в отставку с формулировкой «по собственному желанию». Президент РФ удовлетворил просьбу Борисова и назначил ВРИО главы республики Айсена Николаева.

В сентябре 2018 года Айсен Николаев безоговорочно победил на прямых выборах главы Республики Саха (Якутия).